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R語言：clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換
ID轉(zhuǎn)換用到的是 bitr() 函數(shù)，bitr()的使用方法：
靖西ssl適用于網(wǎng)站、小程序/APP、API接口等需要進(jìn)行數(shù)據(jù)傳輸應(yīng)用場景，ssl證書未來市場廣闊！成為成都創(chuàng)新互聯(lián)公司的ssl證書銷售渠道，可以享受市場價(jià)格4-6折優(yōu)惠！如果有意向歡迎電話聯(lián)系或者加微信：028-86922220（備注：SSL證書合作）期待與您的合作！
org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型
keytypes() ：keytypes(x)，查看注釋包中可以使用的類型
columns() ：類似于keytypes()，針對(duì)org.Hs.eg.db兩個(gè)函數(shù)返回值一致
select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函數(shù)enrichGO()進(jìn)行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：
舉例：
R語言可視化之ggplot2——KEGG通路富集分析
之前分享了如何用ggplot2可視化GO分析的結(jié)果。既然做了GO，當(dāng)然少不了KEGG了。
同樣的，我們從 DAVID 獲取KEGG pathway的結(jié)果。
對(duì)于KEGG，我比較喜歡做氣泡圖，這樣用兩種形式的圖結(jié)合在一起，效果更豐富更好看一點(diǎn)。
【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題
前面我給大家詳細(xì)介紹過
?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀
?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀
?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖
?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖
? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化
也用視頻給大家介紹過
? GO和KEGG富集分析視頻講解
最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。
氣泡圖
柱形圖
這個(gè)圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。
dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)
我們來看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原來這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。
是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道
同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。
關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文
GO和KEGG富集分析視頻講解
[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle
查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對(duì)自己的數(shù)據(jù)做處理
觀察結(jié)論：
觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：
table.legend 設(shè)置為T時(shí)會(huì)顯示表格
本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包
網(wǎng)頁名稱：r語言go分析的代碼 r語言gsea分析
標(biāo)題URL：http://www.ef60e0e.cn/article/doiehis.html
