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本篇文章給大家分享的是有關(guān)如何理解GO的層級(jí)關(guān)系在富集分析中的應(yīng)用，小編覺(jué)得挺實(shí)用的，因此分享給大家學(xué)習(xí)，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說(shuō)，跟著小編一起來(lái)看看吧。
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對(duì)于Gene ontology 而言，目前共有2萬(wàn)多個(gè)Go trems。 做完富集分析后，我們可能會(huì)得到幾百甚至幾千個(gè)富集到的GO terms, 這樣的一個(gè)數(shù)據(jù)量對(duì)于人工一個(gè)個(gè)檢索而言，仍然是一個(gè)艱巨的任務(wù)。為了有效的利用GO富集分析的結(jié)果，我們勢(shì)必需要對(duì)結(jié)果再次進(jìn)行過(guò)濾。
所有GO的層次結(jié)構(gòu)關(guān)系如下圖所示
這樣的結(jié)構(gòu)我們稱之為有向無(wú)環(huán)圖DAG, 雖然在圖這種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中，節(jié)點(diǎn)并沒(méi)有嚴(yán)格的層級(jí)關(guān)系，但是由于在GO這張圖中，存在了祖先節(jié)點(diǎn)，即最上層的3個(gè)節(jié)點(diǎn)，其他的節(jié)點(diǎn)都可以看做是其子節(jié)點(diǎn)，從而引用了樹(shù)狀結(jié)構(gòu)中的level的概念，定義子節(jié)點(diǎn)到祖先節(jié)點(diǎn)的路徑上包含的節(jié)點(diǎn)數(shù)即為該節(jié)點(diǎn)的level，祖先節(jié)點(diǎn)的level為1. 示意圖如下
需要注意的是，由于子節(jié)點(diǎn)到祖先節(jié)點(diǎn)的路徑不止一條，所以一個(gè)子節(jié)點(diǎn)可能擁有用多個(gè)level, 這意味著GO terms的level不是一個(gè)值，在使用level對(duì)GO Terms進(jìn)行過(guò)濾時(shí)就需要注意。
想象一下，對(duì)于一個(gè)有多個(gè)level的GO term, 我們采用哪個(gè)值來(lái)表征其level, 是取最大值，還是最小值，或者是均值，由于不同取值算法帶來(lái)的不確定性，所以采用level對(duì)GO過(guò)濾會(huì)存在一定風(fēng)險(xiǎn)，特別是level很大時(shí)。比如我們只選取level > 7的GO terms, 無(wú)論是用哪個(gè)值作為level, 其過(guò)濾的結(jié)果和我們預(yù)期的都是不符合的。
GO官網(wǎng)對(duì)于GO level也進(jìn)行了說(shuō)明，參考以下鏈接
http://www.geneontology.org/faq/how-can-i-calculate-level-go-term
傳統(tǒng)的費(fèi)舍爾精確檢驗(yàn)也好，GSEA也罷，這些富集分析的算法都只是為單個(gè)GO term進(jìn)行分析，不會(huì)考慮該GO term在整個(gè)網(wǎng)狀結(jié)果中的層級(jí)關(guān)系。對(duì)于這些分析的結(jié)果，采用上述的GO level 進(jìn)行過(guò)濾時(shí)，只能是采用較小的level, 在一下R包中，比如goprofiler， 推薦的最小層級(jí)是level為2。
采用level對(duì)結(jié)果過(guò)濾效果有限，為了有效篩選結(jié)果，出現(xiàn)了Gene Ontolgy network analysis，示意圖如下
根據(jù)所有富集到的GO terms, 從整個(gè)GO Graph中取出一個(gè)子圖subgraph， 圖中有顏色的節(jié)點(diǎn)為富集到的GO, 顏色的深淺有P值決定， 節(jié)點(diǎn)的大小由degree決定。
根據(jù)這個(gè)network, 應(yīng)用圖論的算法可以挖掘出其中重要的GO term，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)GO富集結(jié)果的過(guò)濾。
以上就是如何理解GO的層級(jí)關(guān)系在富集分析中的應(yīng)用，小編相信有部分知識(shí)點(diǎn)可能是我們?nèi)粘９ぷ鲿?huì)見(jiàn)到或用到的。希望你能通過(guò)這篇文章學(xué)到更多知識(shí)。更多詳情敬請(qǐng)關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。
網(wǎng)站題目：如何理解GO的層級(jí)關(guān)系在富集分析中的應(yīng)用
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